Existe a argumentação de que a proteína é utilizada apenas num grau limitado como combustível energético durante o exercício (apenas 5 a 10 % da energia total).

Na verdade, ela são utilizadas para proporcionar os blocos formadores de aminoácidos para síntese tecidual, mas estudos demonstram que há aumento da concentração de uréia plasmatica, o que está acoplado a uma elevação dramática da excreção de nitrogênio no suor, evidenciando o aumento da utilização de proteína durante o exercício. Esses estudos também mostram que a essa utilização é maior em estados de depleção de glicogênio. Isso enfatiza o papel importante dos carboidratos como poupadores de proteínas e demonstra a importância da manutenção desses estoques durante o exercício.

A fase inicial de um programa de treinamento com exercícios impõe uma demanda maior de proteínas corporais em virtude da lesão muscular e das demandas metabólicas. Porém não se sabe se esse efeito é transitório ou se há aumento a longo prazo das necessidades preconizadas pelo RDA.

COMO AS PROTEÍNAS SÃO UTILIZADAS
Certas proteínas não podem ser utilizadas prontamente para obtenção de energia. Esse processo envolve processos bioquimicos descritos a seguir:

Ciclo da alanina
Os aminácidos dentro do músculo são transformados em glutamato, e a seguir, em alanina. A alanina liberada pelos músculos ativos é transportada até o fígado, onde é desaminada (processo onde se retira da molécula o nitrogênio, restando o esqueleto de carbono). O esqueleto de carbono restante é transformado em glicose (gliconeogêse) e a seguir, é lançado no sangue e transportado até os músculos ativos.

Os fragmentos de carbono provenientes dos aminoácidos que formam a alanina podem ser oxidados, a seguir, para a obtenção de energia dentro da célula muscular específica. Após 4 horas de exercício contínuo de baixa intensidade, a produção hepática de glicose derivada da alanina pode ser responsável por 45% da glicose total liberada pelo fígado. A energia derivada desse ciclo pode atender de 10 a 15% da necessidade total do exercício.